Le traité de Lyon signé le 17 janvier 1601, par les représentants d'Henri IV roi de France, et de Charles Emmanuel, duc de Savoie, en présence du légat du Pape, constitue pour les pays de l'Ain un événement fondateur, mais il apparaît aussi, pour la France et l'Italie, comme une étape déterminante dans leur progression vers leur unité nationale.

La Bresse, le Bugey et le pays de Gex avaient depuis longtemps pris l'habitude de vivre ensemble, puisqu'ils avaient été réunis, au moins depuis le début du XV° siècle, dans la " patrie " des ducs de Savoie dont ils formaient l'ensemble des possessions transrhodaniennes.
En 1536, ils furent une première fois rattachés à la France par François 1er qui fit une entrée triomphale à Bourg en 1541. En 1559, par le traité du Cateau-Cambrésis, ces mêmes provinces retournèrent à la Savoie dans la satisfaction générale.
Le traité de Lyon renouvelait donc, mais cette fois définitivement, l'expérience française, et unissait encore un peu plus ces trois provinces que tant la nature que les hommes rendaient différentes.
La Révolution, en créant le département de l'Ain, ne fit que reconnaître cette cohabitation déjà vieille de quatre siècles. Aussi on peut donc affirmer que l'Ain est né véritablement en 1601.

Le traité de Lyon marque aussi une étape importante dans l'histoire de la France et de l'Italie. Pour la monarchie française, il mettait fin au rêve italien caressé depuis la fin du XVe siècle. Le roi abandonnait en effet le marquisat de Saluces, annexé en 1548 par Henri II et qui constituait un relais privilégié " au-delà des Monts " vers la plaine du Pô et l'Italie centrale. En revanche, nos petites provinces francophones agrandissaient le royaume sur les anciennes terres d'Empire et apportaient à la France une région admirablement placée (comme elle l'est toujours) entre Lyon et Genève et, surtout, sur les grandes voies de communication qui unissaient l'Europe du Nord à l'Europe du Sud.
Les pays de l'Ain s'engageaient ainsi, en 1601, par plusieurs portes, dans le monde moderne, aidés dans cette progression par le traité de Lyon venu opportunément clarifier la situation politique.

Au milieu de ce tableau assez sombre, la personne de Jean-Philibert de Bouvent, commandant de la citadelle de Bourg, n'en apparaît que plus lumineuse, héros véritable qui resta invaincu pendant toute la guerre et ne rendit les armes que plusieurs semaines après la signature du traité (9 mars). Si les habitants ne furent pas appelés à s'exprimer, ils montrèrent au moins, par leurs actes, les qualités exemplaires dont ils venaient enrichir leur nouvelle patrie.
Malheureusement la puissante citadelle de Bourg, symbole de ce courage et de cet héroïsme, a disparu à tout jamais.

L'historien bressan Samuel Guichenon, dans son Histoire de Bresse et de Bugey (1650), donne un jugement que chacun pourra ensuite nuancer à sa manière :
" Les politiques parlent diversement de ce traité; les uns en donnoient l'avantage au Duc de Savoye, parce que le Marquisat de Saluces qui estoit la cause de la guerre, luy estoit demeuré, qu 'il avoit fermé la porte de l'Italie aux François, et avoit réuny le Piémont en un seul corps que le Marquisat de Saluces divisoit. Les autres louoyent le Roy d'avoir estendu la frontière jusques aux portes de Genève, de s'estre acquis le passage libre pour la Suysse et l'Allemagne, et d'avoir eu plus de centaines de marquis, comtes, barons et gentilshommes qu'il n'y en avoit de douzaines en tout l'estat de Saluces, et qu'ainsy il devoit avoir l'honneur du traitté puisqu'il en avoit le profit. Un grand capitaine et grand politique de ce royaume [Lesdiguières] donnant son advis sur un événement si remarquable, dit de fort bonne grâce et ingénieusement, que le Roy avoit traitté en marchand et le Duc de Savoye en Prince ".

Le traité